港口航运物流业务是省港航集团主业之一，集团构建了粤港澳地区完备的内河码头网路和内河港口物流服务商，目前，集团拥有全资、控股以及参股经营的货运码头达18家，包括香港珠江仓码、高明港、肇庆新港、珠海西域港、四会港、清远港、珠海斗门港等，在香港公众货物装卸区拥有多个泊位经营码头货物装卸业务。集团建设的香港屯门新码头，占地面积23800平方米，岸线长238米，目前一期码头已建成并投入运营。同时，二期建设一座约8000平方米综合物流仓库，计划2021年上半年建成并投入运营。

集团依托珠江三角洲腹地和众多的码头、船舶、仓库和物流营销网点，拓展新加坡、马来西亚等海外营销网点，构建了联通世界的现代化综合物流平台，营销网点近40个。

近年来，集团围绕“立足粤港澳，做好水文章”的发展思路，积极实施“南沙战略”，开发经营南沙保税物流园，发展仓储物流、跨境电商业务，提高综合竞争能力。被中国物流与采购联合会评级为5A级（最高级别）综合服务型物流企业，在物流企业信用评价的级别为3A级（最高级别）。